La división de invertebrados del Museo de Zoología QCAZ conserva una colección con más de 2’000.000 de especímenes, siendo uno de los referentes más completos de la fauna ecuatoriana científicamente avalada. Alrededor de 20 personas, entre docentes, investigadores, técnicos y estudiantes, trabajan en la recolección, preparación, preservación y estudio de los invertebrados. Se realizan inventarios, identificaciones taxonómicas, estudios de ecología, conservación, genética evolutiva, biogeografía, ecología de ríos, fisiología, forense, modelamiento ecológico y manejo integrado de plagas agrícolas. Estos estudios son puestos a disposición de la comunidad a través de publicaciones y constituyen herramientas básicas para el desarrollo de políticas ambientales sustentables, planes de conservación de bosques y ecosistemas acuáticos y control biológico de plagas.